Під час роботи контролер обробляє інформацію від датчиків (положення колінчастого валу, дросельної заслінки, масової витрати повітря, температури, кисню (лямбда-зонда), детонації, швидкості) та – залежно від режиму роботи двигуна – видає команди управління на форсунки, модуль запалення, регулятор холостого ходу, клапан продування адсорбера, реле включення паливного насоса та вентиляторів радіатора.
Кут випередження запалення розраховується контролером залежно від частоти обертання колінчастого валу, навантаження на двигун (масова витрата повітря або положення дросельної заслінки), температури охолоджуючої рідини та наявності детонації.
Склад суміші регулюється тривалістю керуючого імпульсу, що подається на форсунки (що довше імпульс, то більше вписувалося подача палива). Паливо може подаватись «синхронно» (залежно від положення колінчастого валу, при цьому форсунки включаються попарно – для 1–4 та 2–3 циліндрів) і «асинхронно» (незалежно від положення колінчастого валу працюють усі форсунки). Останній режим використовується під час пуску двигуна.
Якщо при провертанні колінчастого валу двигуна стартером дросельна заслінка відкрита більш ніж на 75%, контролер сприймає ситуацію як режим продування циліндрів і не видає імпульси на форсунки, перекриваючи подачу палива. Так чинять, якщо є підозра, що суміш перезбагачена (двигун «залитий») і тому вона не спалахує. Якщо в ході продування двигун почне працювати, і його обороти досягнуть 400 хв-1, контролер включить подачу палива.
При гальмуванні двигуном контролер збіднює суміш зниження токсичності відпрацьованих газів, але в деяких режимах і зовсім відключає подачу палива.
Подача палива відключається і при вимкненні запалювання, що запобігає самозайманню суміші в циліндрах двигуна (дизелінг).
При падінні напруги живлення контролер збільшує час накопичення енергії в котушках запалювання (для надійного займання горючої суміші) і тривалість імпульсу упорскування (для компенсації збільшення часу відкриття форсунки). При збільшенні напруги живлення час накопичення енергії в котушках запалення і тривалість імпульсу, що подається на форсунки, зменшуються.
Лампа контролю системи керування двигуном у комбінації приладів інформує водія про несправності, але не забороняє подальший рух автомобіля. Якщо система справна, то при включенні запалювання лампа спалахує, але гасне відразу після пуску двигуна. Якщо вона горить при працюючому двигуні, у системі керування двигуном є несправності, умовні коди яких контролер записує на згадку (ОЗУ). Якщо надалі несправність зникла (наприклад, відновився контакт у ланцюгу датчика), лампа може згаснути; при цьому код несправності не стирається, а зберігається в пам'яті і може бути зчитаний за допомогою діагностичного обладнання, що підключається до діагностичного роз'єму, розташованого зліва під панеллю приладів (поряд з реле та запобіжниками). Щоб стерти коди з пам'яті контролера, потрібно вимкнути акумуляторну батарею не менше ніж на 10 с (або вибрати відповідний режим на діагностичному приладі).
Відмова деяких компонентів системи упорскування (електробензонасоса та його ланцюга, модуля запалювання, свічок та високовольтних проводів) не визначається контролером і, відповідно, лампа контролю системи керування двигуном при цьому не спалахує. Однак при перебоях у іскроутворенні блок управління може видавати код невірного сигналу датчика кисню.