У току рада, контролер обрађује информације са сензора (положај радилице, вентил за гас, проток ваздуха, температура, кисеоник (ламбда сонда), детонација, брзина) и – у зависности од режима рада мотора – издаје контролне команде бризгаљкама, модулу паљења, регулатору броја обртаја у празном ходу, вентилу за одзрачивање адсорбера, релеју за укључивање пумпе за гориво и вентилатора хладњака.
Угао напредовања паљења израчунава контролер у зависности од брзине радилице, оптерећења мотора (масеног протока ваздуха или положаја лептира за гас), температуре расхладне течности и присуства детонације.
Састав смеше се регулише трајањем контролног импулса који се доводи до ињектора (што је дужи импулс, то је већа довод горива). Гориво се може снабдевати "синхроно" (у зависности од положаја радилице, у ком случају се бризгаљке укључују у пару - за цилиндре 1-4 и 2-3) и "асинхроно" (без обзира на положај радилице, све бризгаљке раде). Последњи режим се користи приликом покретања мотора.
Ако је при окретању радилице мотора са стартером вентил за гас отворен више од 75%, контролер перципира ситуацију као режим пражњења цилиндра и не шаље импулсе на ињекторе, прекидајући довод горива. Ово се ради ако постоји сумња да је смеша превише обогаћена (мотор је "потопљен") и стога се не запали. Ако током прочишћавања мотор почне да ради и његова брзина достигне 400 мин⁻¹, контролер ће укључити довод горива.
Приликом кочења мотором, контролер исцрпљује смешу како би смањио токсичност издувних гасова, ау неким режимима потпуно искључује довод горива.
Довод горива се такође искључује када је паљење искључено, чиме се спречава спонтано сагоревање смеше у цилиндрима мотора (дизел).
Када напон напајања падне, контролер повећава време акумулације енергије у намотајима за паљење (за поуздано паљење запаљиве смеше) и трајање импулса убризгавања (да би се компензовало повећање времена отварања ињектора). Како се напон напајања повећава, време акумулације енергије у намотајима за паљење и трајање импулса који се доводи до ињектора се смањују.
Контролна лампица система управљања мотором на инструмент табли обавештава возача о кваровима, али не забрањује даље кретање возила. Ако систем ради исправно, лампица се пали када је контакт укључен, али се гаси одмах након покретања мотора. Ако се пали када мотор ради, постоје грешке у систему управљања мотором, чије условне кодове контролер уписује у меморију (РАМ). Ако квар накнадно нестане (на пример, контакт у кругу сензора се врати), лампица се може угасити; у овом случају, код грешке се не брише, већ се чува у меморији и може се очитати помоћу дијагностичке опреме спојене на дијагностички конектор који се налази на левој страни испод инструмент табле (поред релеја и осигурача). Да бисте избрисали кодове из меморије контролера, морате искључити батерију на најмање 10 секунди (или одабрати одговарајући режим на дијагностичком уређају).
Квар неких компоненти система за убризгавање (електрична пумпа за гориво и њено коло, модул за паљење, свећице и високонапонске жице) не детектује контролер и, сходно томе, контролна лампица система управљања мотором не светли. Међутим, ако дође до прекида у формирању варница, контролна јединица може издати код за нетачан сигнал сензора кисеоника.