Počas prevádzky regulátor spracováva informácie zo snímačov (poloha kľukového hriadeľa, škrtiaca klapka, hmotnostný prietok vzduchu, teplota, kyslík (lambda sonda), detonácia, rýchlosť) a - v závislosti od prevádzkového režimu motora - vydáva riadiace príkazy vstrekovačom, zapaľovaciemu modulu, regulátoru voľnobežných otáčok, ventilu preplachovania nádržky, relé palivového čerpadla a ventilátorom chladiča.
Načasovanie zapaľovania vypočíta regulátor v závislosti od otáčok kľukového hriadeľa, zaťaženia motora (hmotnostný prietok vzduchu alebo poloha škrtiacej klapky), teplota chladiacej kvapaliny a prítomnosť detonácie.
Zloženie zmesi je regulované trvaním riadiaceho impulzu aplikovaného na dýzy (čím dlhší je impulz, tým väčšia je zásoba paliva). Palivo je možné dodať «synchrónne» (v závislosti od polohy kľukového hriadeľa, pričom dýzy sa zapínajú v pároch - pre 1-4 a 2-3 valce) A «asynchrónne» (všetky vstrekovače fungujú bez ohľadu na polohu kľukového hriadeľa). Posledný režim sa používa pri štartovaní motora.
Ak je pri pretáčaní kľukového hriadeľa motora štartérom škrtiaca klapka otvorená o viac ako 75 %, regulátor vníma situáciu ako režim preplachovania valca a nevysiela impulzy do vstrekovačov, čím preruší prívod paliva. Toto sa robí, ak existuje podozrenie, že zmes je príliš obohatená (motora «zaplavené») a preto sa nezapáli. Ak sa motor rozbehne počas preplachovania a jeho otáčky dosiahnu 400 min–1, regulátor zapne prívod paliva.
Pri brzdení motorom regulátor nakloní zmes, aby znížil toxicitu výfukových plynov a v niektorých režimoch úplne vypne prívod paliva.
Pri vypnutí zapaľovania sa vypne aj prívod paliva, čo zabraňuje samovznieteniu zmesi vo valcoch motora (dieselovanie).
Pri poklese napájacieho napätia regulátor zvýši čas akumulácie energie v zapaľovacích cievkach (pre spoľahlivé zapálenie horľavej zmesi) a trvanie vstrekovacieho impulzu (na kompenzáciu predĺženia času otvorenia trysky). So zvyšujúcim sa napájacím napätím sa znižuje čas akumulácie energie v zapaľovacích cievkach a doba trvania impulzu aplikovaného na vstrekovače.
Kontrolka systému riadenia motora v združenom prístroji informuje vodiča o poruchách, ale nezakazuje ďalší pohyb vozidla. Ak systém funguje, po zapnutí zapaľovania sa kontrolka rozsvieti, ale zhasne ihneď po naštartovaní motora. Ak sa rozsvieti pri bežiacom motore, v systéme riadenia motora sú poruchy, ktorých podmienené kódy ovládač zapisuje do pamäte (RAM). Ak chyba zmizne neskôr (napríklad bol obnovený kontakt v obvode snímača), lampa môže zhasnúť; v tomto prípade sa chybový kód nevymaže, ale uloží do pamäte a dá sa prečítať pomocou diagnostického zariadenia pripojeného k diagnostickému konektoru umiestnenému vľavo pod prístrojovou doskou (v blízkosti relé a poistiek). Ak chcete vymazať kódy z pamäte ovládača, musíte odpojiť batériu aspoň na 10 sekúnd (alebo vyberte príslušný režim na diagnostickom nástroji).
Porucha niektorých komponentov vstrekovacieho systému (elektrické palivové čerpadlo a jeho obvod, zapaľovací modul, zapaľovacie sviečky a vysokonapäťové vodiče) nie je detegovaná ovládačom, a preto sa kontrolka systému riadenia motora nerozsvieti. Počas prerušenia iskrenia však môže riadiaca jednotka vydať nesprávny signálový kód senzora kyslíka.