По време на работа контролерът обработва информация от сензори (позиция на коляновия вал, дросел, масов въздушен поток, температура, кислород (ламбда сонда), детонация, скорост) и в зависимост от режима на работа на двигателя подава команди за управление към инжекторите, модула за запалване, контрол на оборотите на празен ход, клапан за продухване на кутията, реле на горивната помпа и вентилатори на радиатора.
Моментът на запалване се изчислява от контролера в зависимост от оборотите на двигателя, натоварването на двигателя (масов въздушен поток или положение на дросела), температурата на охлаждащата течност и наличието на почукване.
Съставът на сместа се регулира от продължителността на управляващия импулс, приложен към инжекторите (колкото по-дълъг е импулсът, толкова по-голямо е подаването на гориво). Горивото може да се подава "синхронно" (в зависимост от положението на коляновия вал, докато дюзите се включват по двойки - за 1-4 и 2-3 цилиндъра) и "асинхронно" (независимо от положението на коляновия вал, всички дюзи работа). Последният режим се използва при стартиране на двигателя.
Ако при завъртане на коляновия вал на двигателя със стартер дроселната клапа е отворена с повече от 75%, контролерът възприема ситуацията като режим на прочистване на цилиндъра и не извежда импулси към инжекторите, прекъсвайки подаването на гориво. Това се прави, ако има съмнение, че сместа е преобогатена (двигателят е "наводнен") и поради това не запалва. Ако по време на прочистването двигателят започне да работи и оборотите му достигнат 400 min–1, контролерът ще включи подаването на гориво.
При спиране от двигателя контролерът накланя сместа, за да намали токсичността на отработените газове, а в някои режими напълно изключва подаването на гориво.
Подаването на гориво също се изключва при изключване на запалването, което предотвратява самозапалването на сместа в цилиндрите на двигателя (дизел).
Когато захранващото напрежение спадне, контролерът увеличава времето за натрупване на енергия в бобините за запалване (за надеждно запалване на горимата смес) и продължителността на импулса на впръскване (за компенсиране на увеличаването на времето за отваряне на инжектора). С увеличаване на захранващото напрежение времето за натрупване на енергия в бобините за запалване и продължителността на импулса, приложен към инжекторите, намаляват.
Контролната лампа на системата за управление на двигателя в арматурното табло информира водача за неизправности, но не забранява по-нататъшното движение на автомобила. Ако системата работи, тогава при включване на запалването лампата светва, но изгасва веднага след стартиране на двигателя. Ако свети, когато двигателят работи, има неизправности в системата за управление на двигателя, условните кодове на които контролерът записва в паметта (RAM). Ако в бъдеще неизправността изчезне (например контактът в сензорната верига се възстанови), лампата може да изгасне; в този случай кодът на грешката не се изтрива, а се съхранява в паметта и може да бъде прочетен с помощта на диагностично оборудване, свързано към диагностичния конектор, разположен отляво под таблото (до релето и предпазителите). За да изтриете кодове от паметта на контролера,
Повреда на някои компоненти на системата за впръскване (електрическа горивна помпа и нейната верига, модул за запалване, запалителни свещи и проводници за високо напрежение) не се открива от контролера и съответно контролната лампа на системата за управление на двигателя не светва. Въпреки това, по време на прекъсване на искрянето, контролният блок може да издаде неправилен сигнален код на сензора за кислород.