Működés közben a vezérlő feldolgozza az érzékelőktől származó információkat (főtengely helyzet, fojtószelep, levegő tömegáram, hőmérséklet, oxigén (lambda szonda), detonáció, fordulatszám) és – a motor üzemmódjától függően – vezérlőparancsokat ad ki a befecskendezőknek, a gyújtásmodulnak, az alapjárati fordulatszám-szabályozónak, az adszorber öblítő szelepnek, az üzemanyag-szivattyúnak és a hűtőventilátor relének.
A gyújtás időzítési szögét a vezérlő számítja ki a főtengely fordulatszámától és a motor terhelésétől függően (levegő tömegáram vagy fojtószelep helyzete), a hűtőfolyadék hőmérséklete és a detonáció jelenléte.
A keverék összetételét az injektorokhoz juttatott vezérlőimpulzus időtartama szabályozza (minél hosszabb az impulzus, annál több üzemanyagot szállítanak). Az üzemanyagot "szinkronban" (a főtengely helyzetétől függően, a befecskendezők páronként kapcsolva - az 1-4 és 2-3 hengerekhez) és "aszinkron módon" lehet szállítani (a főtengely helyzetétől függetlenül minden befecskendező működik). Az utolsó üzemmód a motor indításakor használatos.
Ha a motor főtengelyének az indítóval történő forgatásakor a fojtószelep 75% -nál többet nyitva van, a vezérlő a helyzetet hengerürítési módként érzékeli, és nem küld impulzusokat az injektorokhoz, megszakítva az üzemanyag-ellátást. Erre akkor kerül sor, ha fennáll annak a gyanúja, hogy a keverék túldúsított (a motor "elöntött"), és ezért nem gyullad meg. Ha az öblítés során a motor beindul és a fordulatszáma eléri a 400 perc⁻¹ értéket, a vezérlő bekapcsolja az üzemanyag-ellátást.
Motoros fékezéskor a vezérlő kimeríti a keveréket, hogy csökkentse a kipufogógázok toxicitását, és bizonyos üzemmódokban teljesen leállítja az üzemanyag-ellátást.
Az üzemanyag-ellátás a gyújtás kikapcsolásakor is lekapcsol, ami megakadályozza a keverék spontán égését a motor hengereiben (dízelezés).
Amikor a tápfeszültség csökken, a vezérlő növeli az energia felhalmozódási idejét a gyújtótekercsekben (az éghető keverék megbízható meggyújtásához) és az injekció impulzus időtartama (az injektor nyitási idejének növekedésének kompenzálására). A tápfeszültség növekedésével csökken a gyújtótekercsekben az energia felhalmozódási ideje és a befecskendezőkhöz juttatott impulzus időtartama.
A motorvezérlő rendszer ellenőrző lámpája a műszercsoportban tájékoztatja a vezetőt a meghibásodásokról, de nem tiltja meg a jármű további mozgását. Ha a rendszer megfelelően működik, a lámpa a gyújtás bekapcsolásakor világít, de a motor beindulása után azonnal kialszik. Ha járó motornál világít, akkor a motorvezérlő rendszerben vannak hibák, amelyek feltételes kódjait a vezérlő a memóriába (RAM) írja. Ha a probléma később megszűnik (például helyreállt az érintkezés az érzékelő áramkörében), a lámpa kialudhat; ebben az esetben a hibakód nem törlődik, hanem a memóriában tárolódik, és a műszerfal alatti bal oldalon található diagnosztikai csatlakozóhoz csatlakoztatott diagnosztikai berendezés segítségével kiolvasható (a relék és biztosítékok mellett). A kódok törléséhez a vezérlő memóriájából legalább 10 másodpercre le kell választani az akkumulátort (vagy válassza ki a megfelelő módot a diagnosztikai eszközön).
A befecskendező rendszer egyes alkatrészeinek meghibásodása (elektromos üzemanyag-szivattyú és áramköre, gyújtásmodul, gyújtógyertyák és nagyfeszültségű vezetékek) a vezérlő nem érzékeli, és ennek megfelelően a motorvezérlő rendszer vezérlőlámpája nem világít. Ha azonban a szikraképződés megszakad, a vezérlőegység kódot adhat ki az oxigénérzékelő hibás jelére.