Működés közben a vezérlő az érzékelőktől származó információkat dolgozza fel (főtengely helyzet, fojtószelep, levegő tömegáram, hőmérséklet, oxigén (lambda szonda), detonáció, sebesség) és - a motor működési módjától függően - vezérlőparancsokat ad ki a befecskendezőknek, a gyújtásmodulnak, az alapjárati fordulatszám-szabályozónak, a tartály ürítőszelepének, az üzemanyag-szivattyú reléjének és a hűtőventilátoroknak.
A gyújtás időzítését a vezérlő számítja ki a főtengely fordulatszámától és a motor terhelésétől függően (levegő tömegáram vagy fojtószelep helyzete), a hűtőfolyadék hőmérséklete és a detonáció jelenléte.
A keverék összetételét a fúvókákra adott vezérlőimpulzus időtartama szabályozza (minél hosszabb az impulzus, annál nagyobb az üzemanyag-ellátás). Üzemanyag szállítható «szinkronban» (a főtengely helyzetétől függően, míg a fúvókák párban kapcsolódnak - 1-4 és 2-3 hengerhez) És «aszinkron módon» (minden injektor működik a főtengely helyzetétől függetlenül). Az utolsó üzemmód a motor indításakor használatos.
Ha a motor főtengelyének indításakor a fojtószelep több mint 75%-kal nyitva van, a vezérlő hengerürítési módként érzékeli a helyzetet, és nem ad ki impulzusokat a befecskendező szelepekre, megszakítva az üzemanyag-ellátást. Erre akkor kerül sor, ha felmerül a gyanú, hogy a keverék túldúsított (motor «elárasztott») és ezért nem gyullad meg. Ha a motor az öblítés közben elindul, és a fordulatszáma eléri a 400 percet–1, a vezérlő bekapcsolja az üzemanyag-ellátást.
A motor általi fékezéskor a vezérlő meghajolja a keveréket, hogy csökkentse a kipufogógázok toxicitását, és bizonyos üzemmódokban teljesen kikapcsolja az üzemanyag-ellátást.
Az üzemanyag-ellátás a gyújtás kikapcsolásakor is leáll, ami megakadályozza a keverék öngyulladását a motor hengereiben (dízelezés).
Amikor a tápfeszültség csökken, a vezérlő növeli az energia felhalmozódási idejét a gyújtótekercsekben (az éghető keverék megbízható meggyújtásához) és az injekció impulzus időtartama (a fúvóka nyitási idejének növekedésének kompenzálására). A tápfeszültség növekedésével csökken a gyújtótekercsekben az energia felhalmozódási ideje és az injektorokra adott impulzus időtartama.
A motorvezérlő rendszer ellenőrző lámpája a műszercsoportban tájékoztatja a vezetőt a meghibásodásokról, de nem tiltja meg az autó további mozgását. Ha a rendszer működik, akkor a gyújtás bekapcsolásakor a lámpa világít, de a motor beindítása után azonnal kialszik. Ha járó motornál világít, akkor a motorvezérlő rendszerben meghibásodások vannak, amelyek feltételes kódjait a vezérlő a memóriába írja (RAM). Ha a hiba később megszűnik (például helyreállt az érintkezés az érzékelő áramkörében), a lámpa kialudhat; ebben az esetben a hibakód nem törlődik, hanem a memóriában tárolódik, és a műszerfal alatti bal oldalon található diagnosztikai csatlakozóhoz csatlakoztatott diagnosztikai berendezés segítségével kiolvasható (közel a relékhez és a biztosítékokhoz). A kódok törléséhez a vezérlő memóriájából legalább 10 másodpercre le kell választani az akkumulátort (vagy válassza ki a megfelelő módot a diagnosztikai eszközön).
A befecskendező rendszer egyes alkatrészeinek meghibásodása (elektromos üzemanyag-szivattyú és áramköre, gyújtásmodul, gyújtógyertyák és nagyfeszültségű vezetékek) a vezérlő nem érzékeli, és ennek megfelelően a motorvezérlő rendszer ellenőrző lámpája nem világít. A szikraképződés megszakítása esetén azonban a vezérlőegység helytelen oxigénérzékelő jelkódot adhat ki.